SQLite es tan importante que ha dado lugar a GeoPackage, que es un formato abierto, basado en estándares, para transferir información geoespacial. En definitiva, GeoPackage almacena las características de los vectores, conjuntos de matrices de mosaicos de imágenes y mapas ráster a diferentes escalas, los atributos y las extensiones dentro de una base de datos SQLite a los que se puede acceder de manera directa desde cualquier entorno informático utilizando muy poco ancho de banda. A continuación, veremos cómo gestionar y añadir capas de información geográfica a una base de datos SQLite.
SPATIALITE y el gestor de bases de datos
Spatialite es la extensión que agrega funciones espaciales para las bases de datos SQLite. En este caso, nos encontraremos con una solución completa, a diferencia de PostgreSQL, que requiere un gestor de bases de datos y de una arquitectura cliente/servidor. La ventaja de SQLite es que es muy robusto y ligero, a la vez que fácil de usar con soporte nativo para datos espaciales y que cumple con el estándar OGC.
Una vez que ya sabemos qué es Spatialite, vamos a instalar un gestor de bases de datos Spatialite, que se llama Spatialite GUI.
Aunque veréis las capturas de pantalla en Linux, si eres usuario de Windows puedes descargarlo desde aquí: http://www.gaia-gis.it/gaia-sins/windows-bin-amd64-prev/. Tan sólo tendrás que ejecutarlo, no hace falta instalar.
Si eres usuario de Linux, podrás encontrar una versión directamente en los repositorios de Ubuntu, que es la distribución que estamos usando aquí. Para ello tan solo tendrás que abrir una terminal y escribir el siguiente comando:
sudo apt install spatialite-gui
Una vez abierto, te encontrarás con la siguiente interfaz gráfica (GUI).

En este punto ya estamos preparados para poder introducir datos en una base de datos Spatialite. Para este ejemplo usaremos los límites municipales de Aragón. Se pueden encontrar aquí: https://idearagon.aragon.es/descargas.jsp.
Para empezar, crearemos una nueva base de datos SQLite:

Abrimos, como en la imagen superior, el menú File à Creating a New (empty) SQLite DB y le llamamos al fichero municipios.sqlite.
Una vez creado el archivo, creará toda la estructura de la base de datos y sabremos a qué base de datos estamos conectados fijándonos en la parte inferior de la pantalla.

Importar shapefile a SPATIALITE
Ahora que ya tenemos nuestra base de datos creada, podemos importar información espacial de manera directa a través de un archivo shapefile, los más comunes en Sistemas de Información Geográfica.
Tan sólo tendremos que abrir el menú Files à Advanced à Load Shapefile y desde ahí seleccionamos nuestra capa. En este caso usaremos una de municipios, la que descargamos anteriormente, pero podríamos usar cualquier otra.
Aparecerá una ventana en la que dejaremos todas las opciones por defecto, pero cuidado, sí que cambiaremos la opción SRID y pondremos el mismo que tiene la capa. El SRID será 25830, que es una proyección ETRS89 UTM Zona 30, correspondiente a la zona de Aragón y que podemos ver en el archivo .prj o en los metadatos. Además, marcaremos la opción With Spatial Index, para crear un índice espacial.
Otro punto importante es seleccionar la codificación de caracteres como UTF-8. Si no es esta, prueba con LATIN1. Estas codificaciones son las que contienen caracteres de nuestro alfabeto como las ñ o símbolos que no se usan en otras lenguas.

Ahora ya tenemos la capa añadida como una tabla a nuestra base de datos.

Conectar QGIS con una base de datos SPATIALITE
Una vez hemos cargado información en la base de datos, podemos optar por trabajar directamente desde Spatialite-GUI, lo cual requiere manejar SQL, o bien podemos trabajar directamente desde QGIS.
En este caso, vamos a ver cómo trabajar con QGIS y nuestra base de datos.
Una vez abierto QGIS, en el panel navegador buscamos la opción Spatialite.

Haremos clic con el botón derecho del ratón y seleccionaremos la opción “Conexión nueva”. Nos aparecerá una ventana donde podremos buscar la base de datos que hemos creado.

Tras seleccionar nuestra base de datos, ya aparecerá en QGIS, si haces clic sobre la base de datos verás que se despliega y aparecerá la capa que hemos cargado. Ahora ya podremos cargarla en QGIS simplemente arrastrando y soltando en el panel de Capas.

Una vez cargada la capa, puedes poner el ratón sobre la capa y aparecerá la ruta. Verás que apunta a la base de datos y que el sistema de coordenadas es el que le hemos indicado, 25830.

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No es necesario pasar por «Spatialite GUI». Se puede hacer todo desde QGIS.